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4.3.2 包 RODBC

Keywords: R

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4.3.2 包 RODBC

CRAN 里面的包 RODBC 提供了支持 ODBC 规范的访问数据源的接口。它有广泛的需求，可以使一样的 R 代码访问不同的数据库系统。在Unix/Linux以及Windows系统都能运行包 RODBC，而且几乎所有的数据库系统都支持ODBC。我们已经在Windows 平台上的Microsoft SQL Server，Access，MySQL 和 PostgreSQL以及Linux平台上的MySQL，Oracle，PostgreSQL和SQLite都测试过了。

ODBC是一种客户端-服务器系统。我们可以从Windows客户端连接Unix服务器上运行的DBMS，反之也然。

Windows 通常都会支持ODBC，最新版本作为MDAC的一部分可以从http://www.microsoft.com/data/odbc/ 下载。在Unix/Linux系统，你需要一个 ODBC 驱动管理，比如unixODBC (http://www.unixODBC.org) 或 iOBDC(http://www.iODBC.org)，还需要为你的数据库系统安装一个驱动。FreeODBC 项目（http://www.jepstone.net/FreeODBC/）是和ODBC 信息相关的一个知识库。

Windows不仅为DBMSs提供驱动，还为Excel电子表格（.xls），DBase（.dbf）文件甚至文本文件提供驱动。（不需要安装命名过的软件。）现在已经有Excel 2007和Access2007版本的驱动了（去http://download.microsoft.com，选择`Office'并且找到`ODBC'，然后下载AccessDatabaseEngine.exe）。

大量同时访问是可能的。调用 odbcConnect 或 odbcDriverConnect（在Windows图形化界面下，可以通过对话框选择数据库）可以打开一个连接，返回一个用于随后数据库访问的控制（handle）。打印一个连接会给出ODBC连接的一些细节，而调用odbcGetInfo 会给出客户端和服务器的一些细节信息。

连接可以通过调用函数 close 或 odbcClose 来关闭。没有 R 对象对应或不在 R 会话后面的连接也可以调用这两个函数来关闭，但会有警告信息。

在一个连接中的表的细节信息可以通过函数sqlTables 获得。

函数 sqlSave 会把 R 数据框复制到一个数据库的表中，而函数 sqlFetch 会把一个数据库中的表拷贝到一个 R 的数据框中。

一个 SQL 查询可以通过调用sqlQuery 传给数据库。返回的结果是 R 的数据框。（sqlCopy把一个查询传给数据库，返回结果在数据库中以表的方式保存。）一种比较好的控制方式是首先调用 odbcQuery， 然后用 sqlGetResults 取得结果。后者可用于一个循环中每次获得有限行，就如函数 sqlFetchMore 的功能。

这里是用PostgreSQL的一个例子，其中ODBC 驱动把列和数据框的名字映射成小写。我们用一个事先创建的数据库testdb，还有一个个设置在unixODBC下文件 ~/.odbc.ini的数据源名字（Data Source Name，DSN）。同样的代码在MyODBC访问Linux或Windows上的MySQL数据库时一样有效（其中，MySQL依然会把名字映射成小写）。在 Windows，DSN在控制面板的 ODBC 工具里面设置（在Windows 2000/XP，设置`管理工具'部分的`数据源（ODBC）'）。 

     > library(RODBC)

     ## 让函数把名字映射成小写

     > channel <- odbcConnect("testdb", uid="ripley", case="tolower")

     ## 把一个数据框导入数据库

     > data(USArrests)

     > sqlSave(channel, USArrests, rownames = "state", addPK = TRUE)

     > rm(USArrests)

     ## 列出数据库的表

     > sqlTables(channel)

       TABLE_QUALIFIER TABLE_OWNER TABLE_NAME TABLE_TYPE REMARKS

     1                              usarrests      TABLE

     ## 列出表格

     > sqlFetch(channel, "USArrests", rownames = "state")

                    murder assault urbanpop rape

     Alabama          13.2     236       58 21.2

     Alaska           10.0     263       48 44.5

         ...

     ## SQL查询，原先是在一行的

     > sqlQuery(channel, "select state, murder from USArrests

                where rape > 30 order by murder")

            state murder

     1 Colorado      7.9

     2 Arizona       8.1

     3 California    9.0

     4 Alaska       10.0

     5 New Mexico   11.4

     6 Michigan     12.1

     7 Nevada       12.2

     8 Florida      15.4

     ## 删除表

     > sqlDrop(channel, "USArrests")

     ## 关闭连接

     > odbcClose(channel)

作为 Windows下面用 ODBC 连接 Excel电子表格的一个简单例子，我们可以如下读取电子表格

     > library(RODBC)

     > channel <- odbcConnectExcel("bdr.xls")

     ## 列出电子表格

     > sqlTables(channel)

       TABLE_CAT TABLE_SCHEM        TABLE_NAME   TABLE_TYPE REMARKS

     1 C:\\bdr            NA           Sheet1$ SYSTEM TABLE      NA

     2 C:\\bdr            NA           Sheet2$ SYSTEM TABLE      NA

     3 C:\\bdr            NA           Sheet3$ SYSTEM TABLE      NA

     4 C:\\bdr            NA Sheet1$Print_Area        TABLE      NA

     ## 获得表单1的内容，可以用下面任何一种方式

     > sh1 <- sqlFetch(channel, "Sheet1")

     > sh1 <- sqlQuery(channel, "select * from [Sheet1$]")

注意，数据库表的规范和 sqlTables 返回的名字是不一样的：sqlFetch 可以映射这种差异。

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