R中文论坛 - 所有版面

R-User将在近期改版、提速

Sat, 04 Feb 2012 10:18:42 +0800

为了给R用户提供更好的交流平台，本站初步计划在3月末进行改版，同时提升访问速度。
改版主要是两大方面：
一是分为两大语言版块：中文和英文
二是内容方面，完善教程资料，特别是将提供代码实例等实际编程资料等内容。

求助cfa in R

Fri, 11 Mar 2011 15:03:01 +0800

有哪位r友知道确定性因子分析（CFA）的程序包在R中？谢谢

网上采集数据

Sun, 19 Dec 2010 15:46:28 +0800

通过以下两个帖子得知网上采集中文数据。
http://www.pinggu.org/bbs/thread-853290-1-1.html
http://cos.name/cn/topic/13598

请问怎么使用RCurl, XML, tm, rJava 来采集中文数据呢？

代码:

1. # 例子：新浪网

   2. require(RCurl)

   3. site <- getURL("http://home.sina.com", encoding="GB2312")

以上编码无法读出中文字幕....

论坛的访问速度可以忍受吗？

Wed, 27 Oct 2010 20:53:34 +0800

因为服务器在美国，访问速度肯定比国内的要慢，不过不清楚慢到什么程度。

希望大家反馈一下。

国内外统计软件的使用情况

Tue, 19 Oct 2010 03:12:12 +0800

我在一所美国大学经济学系访问，发现R的使用很广，在高级经济学的课堂上教授居然花了时间来讲授软件的应用。而在国内大学使用最多的大概是EViews、SPSS和Matlab了，关键是大家都是用的破解版。

R最新版2.12.0已经发布

Sat, 16 Oct 2010 06:50:07 +0800

今早起来，发现R的最新版本2.12.0的源码已经在昨天开始在R的各镜像网站上提供下载。
不过对于大多数使用者来讲，需要的是能够在windows下使用的二进制安装文件，据R官方的信息，会在“适当的时间”提供。
大家只有耐心地再等等了。

R语言简介-R语言笔记:数据分析与绘图的编程环境

Sun, 26 Sep 2010 21:15:15 +0800

这个资料原来在COS论坛上的下载链接失效了，我上传到这，方便需要的朋友。

《R语言简介-R语言笔记:数据分析与绘图的编程环境》的主要内容索引如下：

1 绪论与基础 1
1.1 R语言环境 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
1.2 相关的软件和文档 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
1.3 R与统计 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
1.4 R与视窗系统 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
1.5 R的交互使用 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
1.6 入门训练 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
1.7 获取函数和功能的帮助信息 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
1.8 R的命令、对大小写的敏感，等等 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
1.9 对已输入命令的记忆和更改 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
1.10 命令文件的执行和输出的转向到文件 . . . . . . . . . . . . . . . . 4
1.11 数据的保持与对象的清除 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
2 简单操作；数值与向量 5
2.1 向量与赋值 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
2.2 向量运算 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
2.3 产生规则的序列 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
2.4 逻辑向量 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
2.5 缺失值 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
2.6 字符向量 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
2.7 索引向量(index vector);数据集子集的选择与修改 . . . . . . . . . 8
2.8 对象的其他类型 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
3 对象，模式和属性 10
3.1 固有属性：模式和长度 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
3.2 改变对象的长度 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
3.3 属性的获取和设置 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
3.4 对象的类别 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
4 有序因子与无序因子 12
4.1 一个特例 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
4.2 函数tapply()与ragged数组 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
4.3 有序因子 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
5 数组和矩阵 14
5.1 数组 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
5.2 数组的索引和数组的子块 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
5.3 索引数组 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
5.4 函数array() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
5.4.1 向量，数组的混合运算，重复使用规则 . . . . . . . . . . . 16
5.5 两个数组的外积 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
5.6 数组的广义转置 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
5.7 专门的矩阵功能 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
5.7.1 矩阵乘法 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
5.7.2 线性方程和矩阵的逆 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
5.7.3 特征值和特征向量 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
5.8 奇异值分解与行列式 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
5.9 最小二乘拟合及QR分解 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
5.10 构建分区矩阵，cbind()和rbind() . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
5.11 连接函数c()，针对数组的应用 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
5.12 由因子生成频数表 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
6 列表和数据帧 21
6.1 列表 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
6.2 构建和修改列表 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
6.2.1 连接列表 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
6.3 数据帧 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
6.3.1 创建数据帧 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
6.3.2 attach()与detach() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
6.3.3 使用数据帧 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
6.3.4 挂接任意列表 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
6.3.5 管理搜索路径 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
7 从文件中读取数据 25
7.1 函数read.table() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
7.2 函数scan() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
7.3 内建数据集的存取 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
7.3.1 从其他R功能包中载入数据 . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
7.4 编辑数据 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
8 概率分布 28
8.1 R|作为一个统计表的集合 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
8.2 检测数据集合的分布 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
8.3 单样本和两样本检验 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
9 语句组、循环和条件操作 35
9.1 表达式语句组 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
9.2 控制语句 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
9.2.1 条件执行：if语句 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
9.2.2 重复执行：for 循环，repeat 和while . . . . . . . . . . . . 35
10 编写自己的函数 37
10.1 简单示例 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
10.2 定义新的二元操作符 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
10.3 指定的参数和默认值 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
10.4 参数'...' . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
10.5 函数内的赋值 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
10.6 更多高级示例 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
10.6.1 区组设计的效率因子(E±ciency factors) . . . . . . . . . . 39
10.6.2 删除打引数组中的所有名称 . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
10.6.3 递归的数值积分 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
10.7 范畴(scope) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
10.8 定制环境 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
10.9 类别，通用函数和对象定位 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
11 R的统计模型 45
11.1 定义统计模型；公式 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
11.1.1 对比(contrasts) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
11.2 线性模型 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
11.3 用于释放模型信息的通用函数 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
11.4 方差分析与模型比较 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
11.4.1 方差分析表(ANOVA tables) . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
11.5 更新拟合模型 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
11.6 广义线性模型 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
11.6.1 族(families) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
11.6.2 函数glm() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
11.7 非线性最小二乘和最大似然模型 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
11.7.1 最小二乘 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
11.7.2 最大似然 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
11.8 一些非标准的模型 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
12 图形过程 56
12.1 高级绘图命令 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
12.1.1 函数plot() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
12.1.2 显示多元数据 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
12.1.3 显示图形 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
12.1.4 高级绘图函数的参数 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
12.2 低级绘图命令 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
12.2.1 数学注释 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
12.2.2 Hershey 矢量字体 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
12.3 图形的交互 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
12.4 使用图形参数 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
12.4.1 持续性变更(Permanent changes): par()函数 . . . . . . . . 62
12.4.2 临时性变更：图形函数的参数 . . . . . . . . . . . . . . . . 63
12.5 图形参数列表 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
12.5.1 图形元素 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
12.5.2 坐标轴和标记 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
12.5.3 图边缘(Figure margins) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
12.5.4 多图环境 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
12.6 设备驱动 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
12.6.1 文本文档的PostScript图表 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
12.6.2 多重图形设备 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
12.7 动态图形 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68

下载地址：http://docs.cnmed.net/extract.php
提取码：
p3Brigg5

基于R软件功能增强的商业化模式

Fri, 28 May 2010 13:50:54 +0800

或许因为我在企业里，所以比较关注R的商业应用。
今天在网上到到一个软件的介绍：
REvolution R Enterprise，这个统计软件是基于R发布的源码二次开发的，据介绍其具有一些目前的R不具备的功能，比较重要的包括：它支持多线程，而R只能使用单线程工作，对于多核电脑的用户来说，REvolution R Enterprise支持多线程是一个很不错的特性。
另外一个就是有64位的安装包，还有这个企业版的R使用Intel的MKL库，据称因此提高了R的运算速度。
这个软件有免费的教育版，申请即可。我试着申请了，480M的一个东东，从个头来讲，确实够商业化的，呵呵。

第三届中国R语言会议开始接受报名了

Tue, 18 May 2010 05:27:19 +0800

6月的会议是在北京召开（北京会场），会议时间暂定2010年6月13日，会议地点暂定中国人民大学。

会议不收取注册费，交通费自理。参加会议演讲并投稿的在校学生可以向会议组申请资助。北京会场为所有报名参会者提供免费午餐（人大的伙食还是不错滴）。

具体的信息看这里，报名表在这里下载。

R中的药代软件包

Tue, 11 May 2010 06:25:16 +0800

用于药代参数计算的R软件包还不少，有时间了可以试试：

Bear (BE/BA for R)
This package was created by Hsin-ya Lee and Yung-jin Lee. It was designed to analyze average bioequivalence (ABE) data from noncompartmental analysis (NCA) to ANOVA (using lm() for a 2x2x2 crossover; otherwise lme()). Study design of ABE can be 2x2x2 crossover or repeated crossover (2x2x2, 2x2x3,...2x2x6) or a parallel study. The dosing can be single- or multiple-dose. The statistical analysis for bioavailability (BA) measurements (AUCs and Cmax) was based on the two one-sided tests (Schuirmann, 1987). ABE involves the calculation of 90% confidence intervals for the ratio of the averages of the measures for the test and reference products. The BE will be concluded based on the calculated 90%CIs falling within 80-125% (or up to user's defined). Bear is an open-sourced freeware under the GPL license. System requirements: R (>= 2.9.0); Platforms: MS Windows (XP/Vista), Mac, and Linux-PC. Contact: Yung-jin Lee, Ph.D.,e-mail: mobilePK@gmail.com

ivivc for R
A simple but easy-to-use menu-driven package created for data analysis of ivivc modeling and model validation. ivivc for R is an open-sourced freeware under the GPL license, and was developed by Hsin-ya Lee & Yung-jin Lee. System requirements: R (>= 2.9.0); Platforms: MS Windows (XP/Vista), Mac, and Linux-PC. Contact: Yung-jin Lee, Ph.D.,e-mail: mobilePK@gmail.com.

PK: Basic Pharmacokinetics for R
A pharmacokinetic tool for data analysis in R (http://www.r-project.org) developed and maintained by Martin J. Wolfsegger and Thomas Jaki

PKfit for R
A pharmacokinetic tool for data analysis in R (http://www.r-project.org/) developed and maintained by Chun-Ying Lee and Yung-Jin Lee. PKfit utilizes all available packages for R to integrate this PK tool. These packages include lsoda (in odesolve package) for solving all differential equations used to define the PK models; three different data fitting algorithms: nls for Gauss-Newton for non-linear regression; optim for Nelder-Mead simplex for minimization; and genoud for the genetic algorithm. A menu-driven interface was built. A variety of pharmacokinetic models were pre-defined in PKfit: intravenous drug administrations with bolus or infusion, extravascular drug administrations, the linear (1st-order absorption/elimination) models and the nonlinear (Michaelis-Menten) models. Two weighting schemes, 1/Cp (obs) and 1/Cp^2 (obs), were also implemented. The output from PKfit includes a summary table (time, observed and calculated concentrations, weighted residuals, area under plasma concentration curve, and area under the first moment curve), goodness-of-fit statistic, final PK parameter values, model selection criteria (Akaike's Information Criterion (AIC), Schwarz's Bayesian Criterion (SBC) and Log likelihood) and diagnostic plots for nls such as linear plots, semi-log plots, and residual plots. PKfit is an open-sourced freeware under the GPL license. System requirements: R (>= 2.9.0), odesolve, and rgenoud; Hardware requirements: now PKfit can run normally on Windows NT/XP and Mac OS X version. Contact: Yung-jin Lee, Ph.D., e-mail: mobilePK@gmail.com

stab for R
This package was created by Hsin-ya Lee and Yung-jin Lee. It was designed to analyze pharmaceutical stability data. We follow the ICH guideline 'Q1E Evaluation for Stability Data' (from USA FDA site) to design this tool (Here's its .pdf). This guideline describes when extrapolation should be considered as proposing a retest period for a drug substance or a shelf life of a drug product that extends beyond the period covered by available data from the stability study under the long-term storage condition. Stab for R is an open-sourced freeware under the GPL license. System requirements: R (>= 2.9.0); Platforms: MS Windows (XP/Vista), Mac, and Linux-PC. Contact: Yung-jin Lee, Ph.D., e-mail: mobilePK@gmail.com.

tdm for R
A variant application for R based on JPKD except no user defined model function. It was developed and maintained by Miou-Ting Chen and Yung-Jin Lee. TDM can be used to estimate individual pharmacokinetic parameters with one or more drug serum/plasma concentrations obtained from a single subject or multiple subjects using OpenBugs (an open-source BUGS, Bayesian inference Using Gibbs Sampler with Markov Chain Monte Carlo integration) interfaced through the R package - BRugs. It includes as many clinical frequently-used drug models as JPKD. Besides, it also provides dosage adjustment functions. Diagnostic plots after parameter estimations include updated-history (trace) plots and probability density function (pdf) plots for each parameter. tdm for R is an open-sourced freeware under the GPL license. System requirements: R (>= 2.9.0) and BRugs; Platforms: now TDM only runs on Windows NT/XP because OpenBugs can only run on Windows. Contact: Yung-jin Lee, Ph.D.,email: mobilePK@gmail.com

Xpoose
is an R-based model building aid for population analysis using NONMEM. It facilitates data set checkout, exploration and visualization, model diagnostics, candidate covariate identification and model comparison.

统计建模与R软件

Fri, 07 May 2010 11:19:02 +0800

本书由薛毅、陈立萍编著，全书共分十章，内容涵盖R软件的安装与使用、数据描述性分析、参数估计、假设检验、回归分析、方差分析、多元分析、计算机模拟等内容，全书力求将实用统计方法的介绍与在计算机上如何用R软件实现这些方法紧密地联系起来，在讲明统计基本概念的同时，以R软件为辅助计算手段，重点介绍统计计算的方法，从而有效地解决统计中的计算问题。

问题已经修正，放在我的网盘内了：

地址：http://docs.cnmed.net/extract.php

提取码：

上册：lULekiOJ
下册：e4lQB3Ib

R-project中国网站

Fri, 07 May 2010 05:52:49 +0800

这个由国内R使用者建设的中文R网站，也提供了不少R软件及R语言的中文资源，网址是：http://www.rproject.cn，有兴趣的朋友可以去看看。

另外，目前规模比较大的R语言中文论坛 http://rbbs.biosino.org 已经有近6000位会员，发表帖子5千多。

越来越多的人成为R User，高兴中...

2010年R用户大会将于7月举行

Wed, 05 May 2010 13:12:18 +0800

useR-middle.png (大小: 18.04 KB / 下载: 1) 本届R用户大会由美国国家标准与技术研究所（NIST）主办，为期3天（07-21至07-23），会议的主题主要包括：R作为通用语言用于数据分析与统计计算，为R用户提供一个平台，讨论和交流如何用R来进行统计计算、数据分析、可视化与其它应用等，以及介绍快速发展中的R项目的一些新功能。

预了解详情，请访问www.user2010.org

选择 R 的理由-R导论译者丁国徽

Tue, 04 May 2010 15:37:59 +0800

* R 是自由软件。它不会向你收取任何费用，但是它的能力不会比任何同类型商业软件差。从功能相似的角度来说，R 和 MATLAB 最像的。
* 通过 R 你可以和全球一流的统计计算方面的专家合作讨论，它是全世界统计学家思维的最大集中。我加入了 R 的邮件列表，每天都会收到五六十份关于 R 的资讯邮件。
* 它是彻底的面向对象的统计编程语言。对于我这种生长在面向对象编程模式年代里的人可是非常容易理解和使用的。
* R 和其他编程语言/数据库之间有很好的接口。代码整合的时候感觉 R 为你提供了一系列对象，你用其他语言只要调用这些对象就可以了。这对数据整合工作非常有用。

中国R语言会议，见证R在中国的蓬勃发展

Fri, 30 Apr 2010 14:50:07 +0800

到目前为止，中国R语言会议已经成功地举办了2届。

第一届中国R语言会议是2008年12月13日~14日在人大的明德商学楼0402教室召开的，会议的主题是R语言历史发展、R语言基础、应用及教学，参会者达到了100多人。我有幸参加了这次会议。会议举办地很成功，可以说，在R的发展历程中，第一届中国R语言大会是一个重要的历史事件。

第二届中国R语言会议于2009年12月5-6日（北京会场）、12-13日（上海会场）成功举行，会议纪要上面有较详细的报道。

从这两次会议可以看得出来R语言在中国的蓬勃发展，至少关注度在提高，尤其是学术届，使用者在快速的增加。

前几天看谢益辉的帖子，正在谋划第三届中国R语言会议，希望自己到时候也能参加。

SAS能否被R取代

Fri, 30 Apr 2010 13:36:08 +0800

作为一名R的初学者，其实我日常的工作是与SAS打交道的。不过SAS一年的商业使用授权将近18万元（只有base模块），和免费使用但功能强大的R相比，真是没法比。

我对R不太了解，只是因为它是一个开源的统计软件而关注它，如果R能够进行严肃的商用，SAS被取代只是时间问题，当然，前提是R不会像Oracle收购Sun公司一样，被SAS收购掉。